区分鹰嘴龟的公母其实并不复杂。观察它们的尾部特征是最直观的方法，雄性的鹰嘴龟尾巴细长，而雌性的则显得粗短。更深入地了解，可以通过检查它们的排泄孔位置及形状来识别。雄龟的排泄孔位置更靠近尾端，呈现出细长的形态；而雌龟的排泄孔则位于腹甲附近，呈现出圆形。
除此之外，我们还可以从其他方面分辨鹰嘴龟的公母。母龟的腹部相对平坦，而公龟的腹部则呈现出凹陷的特征。在异味方面，雄龟有着较为浓烈特殊的气味，而雌龟的异味则相对较淡。雄龟的泄殖孔距离腹甲较远，而雌龟的泄殖孔则相对靠近腹甲。在体形上，雄龟通常体型较小，龟壳黑色，躯干细长且尾长柄细；而雌龟则体型较大，龟壳棕黄色，纵棱显著，躯干短而厚，尾短柄粗，且没有特殊臭味。观察鹰嘴龟的行为习性也是分辨公母的一个辅助手段，例如一般头一直伸着的可能是母龟，而一直缩着的可能是公龟。通过这些综合观察和分析，我们可以较为准确地分辨出鹰嘴龟的公母。
